Procedury farmaceutyczne w aptekach szpitalnych wymagają precyzji i wydajności. Za bezpieczne przygotowanie leków odpowiada farmaceuta. Preparat końcowy musi mieć właściwą dawkę, ilość, rozcieńczenie, pojemnik i etykietę. Wymaga to dokładności na wszystkich etapach procesu - od zamówienia, kontroli jakości towarów przychodzących, przygotowania, walidacji, etykietowania, po dokumentację i wiele innych.

Różne rodzaje leków są konieczne do różnych terapii i często muszą być odpowiednio dobierane dla danego pacjenta. Oprócz przygotowywania roztworów do podaży pacjentowi także przygotowywanie żywienia pozajelitowego jest częstą procedurą wykonywaną przez farmaceutów szpitalnych.